Po otrzymaniu informacji o planowanej kontroli należy sprawdzić wszystkie firmowe dokumenty i księgi finansowe. Jest to ostatnia szansa na korektę złożonych deklaracji podatkowych i zapłatę podatku wraz z ewentualnymi odsetkami.

Przedsiębiorcom zaleca się przygotować wszystkie dokumenty firmy związane z działalnością gospodarczą, dokumenty finansowo-księgowe, umowy handlowe, zgody, umowy najmu, leasingu, dokumenty dotyczące zatrudnienia pracowników. Dokumenty w języku obcym muszą być przetłumaczone przez tłumacza przysięgłego (na koszt przedsiębiorcy).

Oprócz dokumentów zaleca się przygotowanie miejsca, w którym kontroler będzie mógł wykonywać czynności kontrolne, a także zadbać o dostępność odpowiednich dokumentów.

Ponadto przed kontrolą dobrze jest się zapoznać z prawami i obowiązkami kontrolowanego.

Wyróżniamy dwa rodzaje kontroli:
• kontrolę podatkową – prowadzoną przez pracowników urzędów skarbowych, głównie na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej oraz ustawy Prawo przedsiębiorców;
• kontrolę celno-skarbową – prowadzoną przez naczelników urzędów celno-skarbowych, wykonywaną zarówno przez pracowników KAS, jak i funkcjonariuszy Służby Celno-Skarbowej.

Funkcjonująca do marca 2017 roku kontrola skarbowa, została zastąpiona kontrolą celno-skarbową. Kompetencje i zadania urzędów kontroli skarbowej przejęły urzędy skarbowe oraz urzędy celno-skarbowe.

Kontrola celno-skarbowa, czyli KAS ma szersze uprawnienia niż kontrola podatkowa. Kontrola KAS nastawiona jest na wyłapywanie oszustw podatkowych na większą skalę, wyłudzanie podatków, pranie brudnych pieniędzy czy przestępstw rażąco uszczuplających budżet państwa.
Natomiast celem kontroli podatkowej jest sprawdzanie prawidłowości rozliczeń w zakresie podatku PIT i VAT.

Wszczęcie kontroli podatkowej powinno być rozpoczęte zawiadomieniem o kontroli. Kontrola celno-skarbowa może być zaś przeprowadzone bez zawiadomienia.
Zakończenie kontroli podatkowej powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie wskazanym w zawiadomieniu o przeprowadzeniu kontroli. Kontrola kończy się sporządzeniem protokołu, do którego osoba kontrolowana może zgłaszać zastrzeżenia.

Zakończenie kontroli celno-skarbowej powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Kontrola kończy się sporządzeniem wyniku kontroli, do którego kontrolowany nie może zgłaszać zastrzeżeń.

W czasie kontroli podatkowej osoba lub podmiot kontrolowany ma prawo do:
• uczestnictwa w czynnościach kontrolnych,
• udziału w przeprowadzeniu dowodów (o miejscu i terminie przeprowadzenia dowodu z zeznań świadków i opinii biegłych musi być zawiadomiony przynajmniej na 3 dni przed terminem, a dowodu z oględzin nie później niż bezpośrednio przed podjęciem tych czynności),
• ustanowienia pełnomocnika lub wyznaczenia reprezentanta,
• wymagania od kontrolujących przestrzegania przepisów o BHP obowiązujących w kontrolowanej jednostce,
• złożenia zastrzeżenia i wyjaśnienia do protokołu kontroli podatkowej,
• domagania się w trybie cywilnym odszkodowania za szkodę poniesioną na skutek przeprowadzenia czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów prawa w zakresie kontroli działalności gospodarczej,
• wniesienia sprzeciwu wobec podjęcia i prowadzenia czynności kontroli podatkowej z naruszeniem przepisów o swobodzie działalności gospodarczej.